Данные систем делятся на мандантно-зависимые и мандантно-независимые. К мандантно-независимым относятся репозитарий, abap-словарь, транзакции и программы. При изменении их изменится логика работы всей системы, а не отдельного манданта.
Данные кастомайзинга, прикладные данные и данные пользователей относятся к мандантно-зависимым данным. На самом деле мандант - это поле mandt в любой мандантно-зависимой таблице. Т.о. данные разных мандантов хранятся физически в одних и тех же таблицах, но при обращении к ним автоматически отсекаются ядром системы, остаются лишь те данные, в которых поле mandt таблицы совпадает с мандантом, в который залогинен пользователь.