Структурная печать (Pretty Printer) ведет себя странно? После нажатия выравнивает строки кода как надо, но после выставляет все криво, хотя параметры настроены верно?

Проблема в том, что у вас может быть включена галочка Автоматическое форматирование после каждой вставки, которая срабатывает после "Структурной печати" и все портит.
Просто выключите ее.

Желтая кнопка  - настройка редактора:

Пункт - Форматирования: