Данный скрипт очистит C:\mydir от всех пустых каталогов и подкаталогов. Проверено на каталоге в котором 350 000 элементов.

@echo off
set "in=%C:\mydir"
for /r "%in%" %%i in (.) do dir /b "%%~i" | find /v "">nul || rd /s /q "%%~i"
exit